SMAS Frater Don Bosco, Lewoleba seringkali menjuarai Kompetesi Sains Nasional di tingkat Kabupaten. KSN menjadi ekskul unggulan sekolah. Para pelajar ditempah oleh guru-guru yang bidang studi. Mata pelajaran yang dilombakan, antara lain, Matematika, Ekonomi, Biologi, Fisika, Kimia, Kebumian, Geografi. Pada tahun 2021, SMAS Frater Don Bosco, Lewoleba berhasil mengutus sembilan pelajar berlomba hingga ke tingkat Provinsi. Di tingkat kabupaten, para pelajar selalu mengungguli sekolah-sekolah lain dalam bidang studi yang dilombakan. Ekslkul KSN dilaksanakan setiap hari Senin dan Selasa. Dimulai pukul 14.00-15.30 WITA.