SMAS Frater “Don Bosco”, Lewoleba mulai dibuka sejak tahun 2011 dengan nama SMAS Frater Don Bosco, Lewoleba. Berdirinya sekolah ini atas undangan Uskup Keuskupan Larantuka dalam rangka kterlibatan Kongregasi Frater CMM Provinsi Indonesia agar ikut berperan dalam meningkatkan mutu pendidikan di Lembata. Demikian juga pemerintah daerah sangat menanggapi rencana Kongregasi Frater CMM untuk membuka sekolah yang dapat memberi dampak positif terhadap kualitas pendidikan di Lembata. Pemerintah mengakui status Sekolah ini dengan mengeluarkan Izin Operasional berdasarkan SK Nomor: 135 tanggal 15 Maret 2011. 

Meskipun pada masa berdirinya, SMAS Frater Don Bosco memiliki komitmen untuk maju dalam berbagai hal positif sesuai dengan program sekolah selama satu berjalan. Hadirnya SMAS Frater Don Bosco di Lembata menjadi tanda bahwa, Kongregasi Frater CMM Provinsi Indonesia ikut memberikan perhatian serta dukungan dalama dunia pendidikan untuk melayani anak-anak bangsa. Misi Kongregasi Frater CMM, ialah mengabdi dan membawa terang, mengucapkan kata yang menolong serta menyelamatkan.

Hal ini terbingkai dalam spiritualitas kongreasi, yakni persaudaraan dan belaskasih. Persaudaraan dan belas kasih memberi dampak yang baik bagi setiap orang untuk mengalami bahwa diterima sebagai saudara, sehingga bersama-sama memberi perhatin bagia setiap anak sesuai perkembangan dan perilaku yang dihadapi.

Moto sekolah, Fides, Scientia, et Fraternitas. Pada tahun 2015 SMAS Frater Don Bosco, Lewoleba mendapat Akreditasi “A”.